El interior guarda gran similitud con la iglesia de Santo Tomás, destacando su bóveda estrellada, una de las más ricas de la ciudad, posiblemente obra de Juan Guas. Las obras del monasterio se prolongaron durante todo el siglo XVI. Su ruina llegó con la invasión francesa, momento en el que fue utilizado como acuartelamiento. A partir de la desamortización de Mendizábal, sus elementos más valiosos fueron desmontados y vendidos. El monasterio ha sido restaurado y transformado en auditorio municipal, donde se celebran numerosos eventos culturales.